Изучение локусов, ассоциированных с остеоартитом, по результатам полногеномных исследований (GWAS) у женщин из Республики Башкортостан


DOI: https://dx.doi.org/10.18565/therapy.2019.7.91-96

Д.А. Шаповалова, А.В. Тюрин, Р.И. Хусаинова

1) ФГБНУ «Институт биохимии и генетики» Уфимского Федерального исследовательского центра Российской академии наук, г. Уфа; 2) ФГБОУ ВО «Башкирский государственный медицинский университет» Минздрава России, г. Уфа
Цель исследования – изучить ассоциации полиморфных вариантов rs4836732 (ASTN2), rs1298744 и rs2302061 (DOT1L), rs3204689 (ALDH1A2), rs6976 (GLT8D1), rs11177 (GNL3), rs6094710 (NCOA3), rs11841874 (MCF2L), rs7639618 (DVWA) с формированием предрасположенности к ОА у женщин из Республики Башкортостан, учитывая локализацию патологического процесса, возраст дебюта заболевания и наличие признаков нДСТ как в коморбидном, так и изолированном состояниях.
Материал и методы. Проведено репликативное исследование полиморфных локусов, ассоциированных по результатам полногеномного анализа ассоциаций (GWAS) в генах ASTN2, DOT1L, ALDH1A2, GLT8D1, GLN3, NCOA3, MCF2L, DVWA, у 256 женщин c OA и 161 контроля из Республики Башкортостан.
Результаты. Выявлена значимость локусов rs2302061 (DOT1L), rs7639618 (DVWA), rs4836732 (ASTN2), rs6976 (GLT8D1), rs3204689 (ALDH1A2) в формировании предрасположенности к ОА в целом, а также с учетом наличия признаков нДСТ, возраста дебюта заболевания и локализации патологического процесса.
Заключение. Приведенные результаты исследования имеют определенное значение для изучения генетических факторов ОА как в изолированном, так и в коморбидном с нДСТ вариантах, однако из-за противоречивости полученных данных необходима дальнейшая их валидация на независимых выборках.

Среди болезней костно-мышечной системы остеоартрит (ОА) занимает лидирующее место по распространенности, поражая около 10% мужчин и 18% женщин во всем мире, являясь одной из основных причин ухудшения качества жизни, боли и инвалидности среди населения старшего возраста [1–3]. В России его частота составляет 3646,3 на 100 тыс. взрослого населения, при этом уровень заболеваемости неуклонно возрастает [4].

К сожалению, ОА чаще всего диагностируется только при наличии клинических проявлений, характерных для выраженных морфологических изменений в хряще, тогда как раннее выявление деструктивно-дистрофических поражений сустава остается большой проблемой. В связи с этим необходимы новые подходы к диагностике заболевания; особое значение имеет поиск предиктивных маркеров, которые позволят выявить предрасположенность к заболеванию, возможно, на самых ранних этапах жизни человека.

Роль генетической предрасположенности к ОА начала исследоваться сравнительно недавно. Близнецовые и семейные исследования показали, что распространенность наследственного компонента ОА варьирует от 40 до 70% в зависимости от локализации пораженного сустава [4]. Однако на сегодня в исследовании генетической предрасположенности ОА существует ряд методологических проблем, связанных с неоднородностью данных, малым количеством репликативных исследований, низкой статистической мощностью и проблемой классификации эндофенотипов ОА, которые не позволяют получить достоверно значимые воспроизводимые ассоциации на независимых выборках.

Существует много факторов, предрасполагающих к развитию ОА, включая возраст, женский пол, этническую принадлежность, травмы, высокий индекс массы тела. При этом ни один из них не определяет 100%-ную вероятность развития заболевания, в связи с чем большой интерес представляет изучение молекулярно-генетических механизмов развития ОА и выявление прогностически значимых генетических маркеров заболевания с целью ранней пресимптоматической диагностики.

К числу факторов риска развития ОА, вероятно, относится недифференцированная дисплазия соединительной ткани (нДСТ) – полиорганная патология, которая характеризуется нарушением строения и функций межклеточного вещества соединительной ткани, что патогенетически сближает ее с ОА [5, 6].

Частота встречаемости ДСТ, по разным данным, колеблется от 10 до 22,5% [7]. НДСТ может рассматриваться как фоновое состояние, способствующее развитию ОА, так как в основе патогенеза ОА и нДСТ лежат изменения деструктивного характера в структуре соединительной ткани, в том числе и в суставном хряще. Считается, что у 10–22,5% населения мира встречаются фенотипические признаки нДСТ различной выраженности, не укладывающиеся в структуру наследственных синдромов [8], которые, как правило, носят прогрессирующий характер и лежат в основе формирования значительного числа соматической патологии, ухудшая прогноз основного заболевания [9].

Благодаря технологии полногеномного анализа ассоциаций (GWAS) сегодня выявлено 56 полиморфных локусов, локализованных в 50 генах и ассоциированных с ОА в европейских и азиатских популяциях. Их вклад в развитие патологи варьируется в зависимости от тяжести заболевания, локализации патологического процесса, гендерных различий и этнического фактора [10].

Нами проведено изучение локусов с наибольшим уровнем значимости, отобранных по результатам анализа GWAS-исследований, которые включают генетические варианты вблизи генов с неизвестной ролью в патогенезе артрозов и хромосомные участки с неизвестными генами для репликативных исследований у женщин Республики Башкортостан. Среди них локусы:

  • rs4836732 (ASTN2, р=6,11*10–10);
  • rs1298744 и rs2302061 в гене гистоновой метилтрансферазы (DOT1L, р=1,1*10–11);
  • rs3204689 гена альдегиддегидрогеназы (ALDH1A, р=21,1*10–11/8,6*10–11);
  • rs6976 в гене гликозилтрансферазы-8 (GLT8D1, р=7,24*10–11);
  • rs11177 в гене нуклеостемина (GNL3, р=1,25*10–10);
  • rs6094710 в гене коактиватора ядерного рецептора (NCOA3, р=7,9*10–9);
  • rs11841874 фактор обмена гуанина (MCF2L, р=2*10–8);
  • rs7639618 в гене, кодирующем домен фактора фон Виллебранда (DVWA, р=7,3*10–8) [11–15].

Несмотря на полученные ассоциации указанных локусов с ОА на выборках европейских и/или азиатских популяций, остается открытым вопрос о прогностической значимости этих ассоциаций для популяций Волго-Уральского региона со сложной генетической структурой, в генофонде которых имеются как европеоидный, так и монголоидный компонент. Также требует изучения их роль в проявлении признаков нДСТ как в сочетании с ОА, так и без него.

Цель исследования – изучить ассоциации полиморфных вариантов rs4836732 (ASTN2), rs1298744 и rs2302061 (DOT1L), rs3204689 (ALDH1A2), rs6976 (GLT8D1), rs11177 (GNL3), rs6094710 (NCOA3), rs11841874 (MCF2L), rs7639618 (DVWA) с формированием предрасположенности к ОА у женщин из Республики Башкортостан, учитывая локализацию патологического процесса, возраст дебюта заболевания и наличие признаков нДСТ как в коморбидном, так и изолированном состояниях.

МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ

Материалами для исследования послужили образцы ДНК 317 женщин в возрасте от 18 до 86 лет (средний возраст 51,67±11,5 лет), обследованных на наличие признаков нДСТ и ОА в терапевтическом отделении Городской клинической больницы № 18, а также в поликлиниках № 2, 18, 38 г. Уфы. Группу женщин с ОА составили 156 женщин, среди них гонартроз был диагностирован у 81 пациентки (51,9%), полиартроз – у 38 (24,4%) и коксартроз – у 37 (23,7%). Исследование было одобрено биоэтическими комитетами Башкирского государственного медицинского университета и Института биохимии и генетики УФИЦ РАН, все пациенты подписали информированное согласие на участие в исследовании в соответствии с Хельсинкской декларацией Всемирной медицинской ассоциации «Этические принципы проведения медицинских исследований с участием человека в качестве субъекта».

Симптомокомплекс нДСТ был выявлен у 228 человек: у 149 (65,4 %) – легкой степени, у 67 (29,4 %) – выраженной степени. НДСТ оценивалась в баллах по критериям Т.И. Кадуриной (2007). Критериями исключения из исследования были онкологическая патология, системные заболевания соединительной ткани, признаки активного воспалительного процесса как инфекционной, так и неинфекционной этиологии. Этнический состав выборки был следующим: 44% – женщины русского, 34% – татарского, 8% – башкирского происхождения, 14% – метисы и представители других этносов.

Для валидации полученных нами ассоциаций была сформирована независимая выборка женщин из 100 человек в возрасте от 37 до 68 лет (средний возраст 57,02±7,3 лет) с диагнозом ОА, среди которых 53 страдали гонартрозом, 16 – коксартрозом, 21 – полиартрозом. НДСТ была диагностирована у 77 человек: у 38 женщин – легкой степени, у 39 – выраженной степени. По этнической принадлежности выборку составили башкиры (3%), татары (37%), русские (27%) и другие этносы (33%).

ДНК выделяли из периферической крови методом фенольно-хлороформной экстракции. Генотипирование осуществлялось с использованием технологии конкурентной аллель-специфичной ПЦР – KASP® (LGC-Genomics) и системы для проведения ПЦР в режиме реального времени QuantStudio 12K Flex Real-Time PCR System (Thermo Fisher Scientific). Статистическая обработка полученных данных проводилась на основании общепринятых методов описательной и вариационной статистики с использованием стандартных пакетов Microsoft Excel 2007 и Statistica 6.0. Степень ассоциаций оценивали в значениях показателя отношения шансов (odds ratio, OR).

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

По результатам сравнительного анализа распределения частот аллелей и генотипов исследованных полиморфных локусов нами был получен ряд ассоциаций (табл.).

Полученные нами результаты показывают, что локусы, наиболее значимые для развития ОА, по данным GWAS-исследований, также значимы для формирования фенотипа ОА различных локализаций (в том числе в сочетании с признаками нДСТ), однако в этом аспекте есть ряд особенностей.

В исследованной нами выборке генотип *СС локуса rs4836732 гена ASTN2, минорный аллель *С которого был ассоциирован с тотальной заменой тазобедренного сустава у европейских женщин [12], статистически значимо преобладал в выборке женщин с ОА (0,608), а также у пациенток татарской этнической принадлежности, имеющих ОА в сочетании с признаками нДСТ (0,632), по сравнению с группой контроля (0,393 и 0,400) соответствующей этнической категории. Однако противоположный аллель *Т данного локуса rs4836732 был ассоциирован с нДСТ в общей выборке. Установлено, что продукт гена ASTN2 представляет собой регуляторный белок, осуществляющий транспорт синаптических молекул, и экспрессруется главным образом в мозге, в связи с чем его функцию в биологии хрящевой ткани еще только предстоит выяснить [16].

По результатам анализа локуса rs3204689 гена ALDH1A2, кодирующего альдегиддегидрогеназу (фермент, участвующий метаболизме ретиноевой кислоты [17]), выявлена ассоциация генотипа *CG с полиартрозом у женщин в общей выборке, что также сопоставимо с полногеномными данными, где аллель *С ассоциирован с ОА рук у женщин [12]. C. Shepherd et al. (2018) продемонстрировали, что нокаут гена ALDH1A2 in vivo понижал экспрессию ряда генов хондрогенеза, среди которых ген транскрипционного фактора-9 (SOX9; р=0,002), аггреканазы-5 (ADAMTS5) и аггрекана ACAN; это свидетельствует о значимости этого гена в регуляции гомеостаза хрящевой и костной ткани [18].

Также нами исследовано два полиморфных локуса rs2302061 и rs12982744, локализованных в гене гистоновой метилтрансферазы (DOT1L), продукт которого экспрессируется в зрелых хондроцитах человека и, вероятно, играет роль в их дифференцировке [13]. Локус rs2302061 этого гена показал ассоциации с ОА в целом, а также с гонартрозом, однако неизвестно об ассоциациях этого локуса в других популяциях. При этом распределение частот аллелей и генотипов полиморфного локуса rs12982744 оказалось сопоставимым в группах больных и контроля.

Другой исследованный локус rs7639618 локализован в гене DVWA, детерминирующем образование домена фактора фон Виллебранда. Продукт этого гена связывается с β-тубулином [14] и экспрессируется в суставной ткани независимо от наличия патологического процесса, что подтверждает функциональную роль белкового продукта в внутриклеточном транспорте хондроцитов [19]. По результатам анализа этого локуса аллель *Т продемонстрировал ассоциацию с ОА в целом, гонартрозом и коксартрозом, тогда как, по данным GWAS, определена ассоциация аллеля *G с ОА коленного сустава (p=7,3×10−11) у азиатов. Полученные нами данные могут свидетельствовать о различиях в генетической структуре изученных популяций и разнонаправленной адаптации к различающимся средовым факторам.

По результатам полногеномных исследований, у лиц европейского происхождения аллель *Т локуса rs6976 (GLT8D1) ассоциирован как с коксартрозом, так и с гонартрозом (p=7,2×10−11) [19, 12], однако, по результатам наших исследований, противоположный аллель *С показал ассоциацию с гонартрозом (см. табл.). Это также отражает необходимость изучения генетических маркеров с учетом этнической структуры популяций.

При рассмотрении локусов rs6094710 (NCOA3), rs11177 (GNL3), rs11841874 (MCF2L) не было получено статистически значимых различий в распределении частот аллелей и генотипов между пациентками с ОА в целом, пациентками с различными локализациями ОА и группой контроля у женщин из Республики Башкортостан, и мы не подтвердили полученные ранее ассоциации.

Для подтверждения полученных нами закономерностей мы сформировали независимую выборку женщин с ОА и подтвердили следующие полученные нами ассоциации:

  • ассоциацию генотипа *СС локуса rs2302061 (DOT1L) с ОА позднего начала (50–65 лет) (χ2=7,128; p=0,000001; OR=4,27; 95% ДИ 2,7-7,03);
  • ассоциацию генотипов *TT+*CT локуса rs7639618 (DVWA) с ОА у женщин в общей выборке (χ2=6,816; p=0,009; OR=2,27; 95% ДИ 1,22–4,22), с коксартрозом (p=0,0007; OR=6,9), гонартрозом (p=0,00005; OR=5,92) и полиартрозом (p=0,0013; OR=6,27), а также с ОА в сочетании с признаками нДСТ (χ2=5,571; p=0,018, OR=2,52; 95% ДИ 1,15–5,49);
  • генотипа *CG полиморфного локуса rs3204689 гена ALDH1A2 с ОА в сочетании с нДСТ у женщин татарской этнической принадлежности (χ2=9,548, p=0,002, OR=3,84; 95% ДИ 1,6–9,18).

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Таким образом, нами проведен анализ ассоциаций полиморфных вариантов rs4836732 (ASTN2), rs1298744 и rs2302061 (DOT1L), rs3204689 (ALDH1A2), rs6976 (GLT8D1), rs11177 (GNL3), rs6094710 (NCOA3), rs11841874 (MCF2L), rs7639618 (DVWA) в выборке женщин с ОА из Республики Башкортостан с учетом наличия признаков нДСТ, возраста, дебюта заболевания и локализации патологического процесса. Полученные нами ассоциации были подтверждены на независимой выборке женщин для локуса rs2302061 (DOT1L) и rs7639618 (DVWA), rs4836732 (ASTN2), что позволяет рассматривать их в качестве маркеров риска развития ОА в целом, а также его различных локализаций с учетом наличия признаков нДСТ.

Приведенные результаты исследования имеют определенное значение для изучения генетических факторов ОА как в изолированном, так и в коморбидном с нДСТ вариантах, однако из-за противоречивости полученных данных необходима дальнейшая их валидация на независимых выборках.


Литература


  1. Nelson A.E. Osteoarthritis year in review 2017: clinical. Osteoarthritis Cartilage. 2017; 26(3): 319–25.

  2. Vina E.R., Kwoh C.K. Epidemiology of Osteoarthritis: Literature Update. Curr Opin Rheumatol. 2018; 30(2): 160–67.

  3. Балабанова Р.М., Дубинина Т.В., Демина А.Б., Кричевская О.А. Заболеваемость болезнями костно-мышечной системы в Российской Федерации за 2015–2016 гг. Научно-практическая ревматология. 2018; 56(1): 15–21.

  4. Yucesoy B., Charles L.E., Baker B., Burchfiel C.M. Occupational and genetic risk factors for osteoarthritis: a review. Work. 2015; 50(2): 261–73.

  5. Нечаева Г.И., Яковлев В.М., Конев В.П., Друк И.В., Морозов С.Л. Дисплазия соединительной ткани: основные клинические синдромы, формулировка диагноза, лечение. Лечащий врач. 2008; 2: 22–28.

  6. Яковлев В.М., Нечаева Г.И. Системные дисплазии соединительной ткани: актуальность проблемы в клинике внутренних болезней. Сибирский медицинский журнал. 2011; 26: 9–13.

  7. Кадурина Т.И., Аббакумова Л.Н. Оценка степени тяжести недифференцированной дисплазии соединительной ткани у детей. Медицинский вестник Северного Кавказа. 2008; 2(10): 15–20.

  8. Кадурина Т.И., Горбунова В.Н. Дифференцированная и недифференцированная дисплазия соединительной ткани. Дисплазия соединительной ткани: руководство для врачей. СПб.: ЭЛБИ. 2009; 704.

  9. Земцовский Э.В. Недифференцированные дисплазии соединительной ткани. Попытка нового осмысления концепции. Медицинский вестник Северного Кавказа. 2008; 2(10): 8–14.

  10. Wang T., Liang Y., Li H. et al. Single nucleotide polymorphisms and osteoarthritis an overview and a meta-analysis. 2016; 95(7): 1–13.

  11. Rodriguez-Fontenla C., Gonzalez A. Genetics of osteoarthritis. Reumatol Clin. 2015; 11(1): 33–40.

  12. arcOGEN Consortium, arcOGEN Collaborators. Identification of new susceptibility loci for osteoarthritis (arcOGEN): a genome-wide association study. Lancet. 2012; 380: 815–23.

  13. Castano Betancourt M.C., Cailotto F., Kerkhof H.J. et al. Genome-wide association and functional studies identify the DOT1L gene to be involved in cartilage thickness and hip osteoarthritis. Proc Natl Acad Sci USA. 2012; 109(21): 8218–23.

  14. Miyamoto Y., Shi D., Nakajima M. et al. Common variants in DVWA on chromosome 3p24.3 are associated with susceptibility to knee osteoarthritis. Nat Genet. 2008; 40: 994–98.

  15. Evangelou E., Kerkhof H.J., Styrkarsdottir U. et al. A meta-analysis of genome-wide association studies identifies novel variants associated with osteoarthritis of the hip. Ann Rheum Dis. 2014; 73(12): 2130–36.

  16. 1Behesti H., Fore T.R., Wu P. et al. ASTN2 modulates synaptic strength by trafficking and degradation of surface proteins. PNAS. 2018; 115(41): 9717–26.

  17. Styrkarsdottir U., Thorleifsson G., Helgadottir H.T. et al. TREAT-OA Consortium; arcOGEN Consortiuml. Severe osteoarthritis of the hand associates with common variants within the ALDH1A2 gene and with rare variants at lp31. Nat Genet. 2014; 46(5): 498–502.

  18. Shepherd C., Zhu D., Skelton A.J. et al. Functional characterization of the osteoarthritis genetic risk residing at ALDH1A2 identifies rs12915901 as a key target variant. Arthritis Rheumatol. 2018; 70(10): 1577–87.

  19. Panoutsopoulou K., Zeggini E. Advances in osteoarthritis genetics. J Med Genet. 2013: 50(11): 715–24.


Об авторах / Для корреспонденции


Дарья Алексеевна Шаповалова, м.н.с. лаборатории молекулярной генетики человека Института биохимии и генетики – обособленного структурного подразделения УФИЦ РАН. Адрес: 450054, г. Уфа, пр. Октября, д. 71,
лит. 1Е. Тел.: 8(347)235-60-88; 8 (917) 430-54-41. E-mail: daria-ufa92@mail.ru
Антон Викторович Тюрин, к.м.н., зав. кафедрой госпитальной терапии №2 ФГБОУ ВО «Башкирский государственный медицинский университет» Минздрава России. Адрес: 450008, г. Уфа, ул. Ленина, д. 3. Тел.: 8 (927) 994-00-35. E-mail: anton.bgmu@gmail.com
Рита Игоревна Хусаинова, д.б.н., в.н.с. лаборатории молекулярной генетики человека Института биохимии и генетики – обособленного структурного подразделения УФИЦ РАН. Адрес: 450054, г. Уфа, пр. Октября, д. 71,
лит. 1Е. Тел.: 8 (347) 235-60-88; 8 (987) 145-77-18. E-mail: ritakh@mail.ru


Похожие статьи


Бионика Медиа