Study of locuses associated with osteoarthritis on the basis of the results of full genomic investigations (GWAS) among women from Bashkortostan


DOI: https://dx.doi.org/10.18565/therapy.2019.7.91-96

Shapovalova D.A., Tyurin A.V., Khusainova R.I.

1) Institute of biochemistry and genetic of Ufa Federal research Center of Russian Academy of Sciences, Ufa; 2) Bashkir State medical University of the Ministry of Healthcare of Russia
The aim of the research was to study the associations of rs4836732 (ASTN2), rs1298744 and rs2302061 (DOT1L), rs3204689 (ALDH1A2), rs6976 (GLT8D1), rs11177 (GNL3), rs6094710 (NCOA3), rs6168188 (RSF18747) polymorphic variants with formation to osteoarthritis (OA) predisposition in females from the Republic of Bashkortostan, taking into consideration the localization of the pathological process, the age of the onset of the disease and the presence of signs of undifferentiated connective tissue dysplasia (uDCT) in both comorbid and isolated states.
Material and methods. A replicative study of polymorphic loci associated by the results of a genome-wide analysis of associations (GWAS) in genes ASTN2, DOT1L, ALDH1A2, GLT8D1, GLN3, NCOA3, MCF2L, DVWA was performed in 256 females with OA and 161 control persons from the Republic of Bashkortostan.
Results. The significance of the loci rs2302061 (DOT1L), rs7639618 (DVWA), rs4836732 (ASTN2), rs6976 (GLT8D1), rs3204689 (ALDH1A2) in the formation of a predisposition to OA in the whole, as well as taking into account the presence of uDST signs and the localization of the disease process, its onset age was revealed.
Conclusion. The results of the study are having some importance for studying the genetic factors of OA both in isolated and comorbid with uDCT variants. However, due to the inconsistency of the obtained data, their further validation in independent samples is necessary.

Среди болезней костно-мышечной системы остеоартрит (ОА) занимает лидирующее место по распространенности, поражая около 10% мужчин и 18% женщин во всем мире, являясь одной из основных причин ухудшения качества жизни, боли и инвалидности среди населения старшего возраста [1–3]. В России его частота составляет 3646,3 на 100 тыс. взрослого населения, при этом уровень заболеваемости неуклонно возрастает [4].

К сожалению, ОА чаще всего диагностируется только при наличии клинических проявлений, характерных для выраженных морфологических изменений в хряще, тогда как раннее выявление деструктивно-дистрофических поражений сустава остается большой проблемой. В связи с этим необходимы новые подходы к диагностике заболевания; особое значение имеет поиск предиктивных маркеров, которые позволят выявить предрасположенность к заболеванию, возможно, на самых ранних этапах жизни человека.

Роль генетической предрасположенности к ОА начала исследоваться сравнительно недавно. Близнецовые и семейные исследования показали, что распространенность наследственного компонента ОА варьирует от 40 до 70% в зависимости от локализации пораженного сустава [4]. Однако на сегодня в исследовании генетической предрасположенности ОА существует ряд методологических проблем, связанных с неоднородностью данных, малым количеством репликативных исследований, низкой статистической мощностью и проблемой классификации эндофенотипов ОА, которые не позволяют получить достоверно значимые воспроизводимые ассоциации на независимых выборках.

Существует много факторов, предрасполагающих к развитию ОА, включая возраст, женский пол, этническую принадлежность, травмы, высокий индекс массы тела. При этом ни один из них не определяет 100%-ную вероятность развития заболевания, в связи с чем большой интерес представляет изучение молекулярно-генетических механизмов развития ОА и выявление прогностически значимых генетических маркеров заболевания с целью ранней пресимптоматической диагностики.

К числу факторов риска развития ОА, вероятно, относится недифференцированная дисплазия соединительной ткани (нДСТ) – полиорганная патология, которая характеризуется нарушением строения и функций межклеточного вещества соединительной ткани, что патогенетически сближает ее с ОА [5, 6].

Частота встречаемости ДСТ, по разным данным, колеблется от 10 до 22,5% [7]. НДСТ может рассматриваться как фоновое состояние, способствующее развитию ОА, так как в основе патогенеза ОА и нДСТ лежат изменения деструктивного характера в структуре соединительной ткани, в том числе и в суставном хряще. Считается, что у 10–22,5% населения мира встречаются фенотипические признаки нДСТ различной выраженности, не укладывающиеся в структуру наследственных синдромов [8], которые, как правило, носят прогрессирующий характер и лежат в основе формирования значительного числа соматической патологии, ухудшая прогноз основного заболевания [9].

Благодаря технологии полногеномного анализа ассоциаций (GWAS) сегодня выявлено 56 полиморфных локусов, локализованных в 50 генах и ассоциированных с ОА в европейских и азиатских популяциях. Их вклад в развитие патологи варьируется в зависимости от тяжести заболевания, локализации патологического процесса, гендерных различий и этнического фактора [10].

Нами проведено изучение локусов с наибольшим уровнем значимости, отобранных по результатам анализа GWAS-исследований, которые включают генетические варианты вблизи генов с неизвестной ролью в патогенезе артрозов и хромосомные участки с неизвестными генами для репликативных исследований у женщин Республики Башкортостан. Среди них локусы:

  • rs4836732 (ASTN2, р=6,11*10–10);
  • rs1298744 и rs2302061 в гене гистоновой метилтрансферазы (DOT1L, р=1,1*10–11);
  • rs3204689 гена альдегиддегидрогеназы (ALDH1A, р=21,1*10–11/8,6*10–11);
  • rs6976 в гене гликозилтрансферазы-8 (GLT8D1, р=7,24*10–11);
  • rs11177 в гене нуклеостемина (GNL3, р=1,25*10–10);
  • rs6094710 в гене коактиватора ядерного рецептора (NCOA3, р=7,9*10–9);
  • rs11841874 фактор обмена гуанина (MCF2L, р=2*10–8);
  • rs7639618 в гене, кодирующем домен фактора фон Виллебранда (DVWA, р=7,3*10–8) [11–15].

Несмотря на полученные ассоциации указанных локусов с ОА на выборках европейских и/или азиатских популяций, остается открытым вопрос о прогностической значимости этих ассоциаций для популяций Волго-Уральского региона со сложной генетической структурой, в генофонде которых имеются как европеоидный, так и монголоидный компонент. Также требует изучения их роль в проявлении признаков нДСТ как в сочетании с ОА, так и без него.

Цель исследования – изучить ассоциации полиморфных вариантов rs4836732 (ASTN2), rs1298744 и rs2302061 (DOT1L), rs3204689 (ALDH1A2), rs6976 (GLT8D1), rs11177 (GNL3), rs6094710 (NCOA3), rs11841874 (MCF2L), rs7639618 (DVWA) с формированием предрасположенности к ОА у женщин из Республики Башкортостан, учитывая локализацию патологического процесса, возраст дебюта заболевания и наличие признаков нДСТ как в коморбидном, так и изолированном состояниях.

МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ

Материалами для исследования послужили образцы ДНК 317 женщин в возрасте от 18 до 86 лет (средний возраст 51,67±11,5 лет), обследованных на наличие признаков нДСТ и ОА в терапевтическом отделении Городской клинической больницы № 18, а также в поликлиниках № 2, 18, 38 г. Уфы. Группу женщин с ОА составили 156 женщин, среди них гонартроз был диагностирован у 81 пациентки (51,9%), полиартроз – у 38 (24,4%) и коксартроз – у 37 (23,7%). Исследование было одобрено биоэтическими комитетами Башкирского государственного медицинского университета и Института биохимии и генетики УФИЦ РАН, все пациенты подписали информированное согласие на участие в исследовании в соответствии с Хельсинкской декларацией Всемирной медицинской ассоциации «Этические принципы проведения медицинских исследований с участием человека в качестве субъекта».

Симптомокомплекс нДСТ был выявлен у 228 человек: у 149 (65,4 %) – легкой степени, у 67 (29,4 %) – выраженной степени. НДСТ оценивалась в баллах по критериям Т.И. Кадуриной (2007). Критериями исключения из исследования были онкологическая патология, системные заболевания соединительной ткани, признаки активного воспалительного процесса как инфекционной, так и неинфекционной этиологии. Этнический состав выборки был следующим: 44% – женщины русского, 34% – татарского, 8% – башкирского происхождения, 14% – метисы и представители других этносов.

Для валидации полученных нами ассоциаций была сформирована независимая выборка женщин из 100 человек в возрасте от 37 до 68 лет (средний возраст 57,02±7,3 лет) с диагнозом ОА, среди которых 53 страдали гонартрозом, 16 – коксартрозом, 21 – полиартрозом. НДСТ была диагностирована у 77 человек: у 38 женщин – легкой степени, у 39 – выраженной степени. По этнической принадлежности выборку составили башкиры (3%), татары (37%), русские (27%) и другие этносы (33%).

ДНК выделяли из периферической крови методом фенольно-хлороформной экстракции. Генотипирование осуществлялось с использованием технологии конкурентной аллель-специфичной ПЦР – KASP® (LGC-Genomics) и системы для проведения ПЦР в режиме реального времени QuantStudio 12K Flex Real-Time PCR System (Thermo Fisher Scientific). Статистическая обработка полученных данных проводилась на основании общепринятых методов описательной и вариационной статистики с использованием стандартных пакетов Microsoft Excel 2007 и Statistica 6.0. Степень ассоциаций оценивали в значениях показателя отношения шансов (odds ratio, OR).

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

По результатам сравнительного анализа распределения частот аллелей и генотипов исследованных полиморфных локусов нами был получен ряд ассоциаций (табл.).

Полученные нами результаты показывают, что локусы, наиболее значимые для развития ОА, по данным GWAS-исследований, также значимы для формирования фенотипа ОА различных локализаций (в том числе в сочетании с признаками нДСТ), однако в этом аспекте есть ряд особенностей.

В исследованной нами выборке генотип *СС локуса rs4836732 гена ASTN2, минорный аллель *С которого был ассоциирован с тотальной заменой тазобедренного сустава у европейских женщин [12], статистически значимо преобладал в выборке женщин с ОА (0,608), а также у пациенток татарской этнической принадлежности, имеющих ОА в сочетании с признаками нДСТ (0,632), по сравнению с группой контроля (0,393 и 0,400) соответствующей этнической категории. Однако противоположный аллель *Т данного локуса rs4836732 был ассоциирован с нДСТ в общей выборке. Установлено, что продукт гена ASTN2 представляет собой регуляторный белок, осуществляющий транспорт синаптических молекул, и экспрессруется главным образом в мозге, в связи с чем его функцию в биологии хрящевой ткани еще только предстоит выяснить [16].

По результатам анализа локуса rs3204689 гена ALDH1A2, кодирующего альдегиддегидрогеназу (фермент, участвующий метаболизме ретиноевой кислоты [17]), выявлена ассоциация генотипа *CG с полиартрозом у женщин в общей выборке, что также сопоставимо с полногеномными данными, где аллель *С ассоциирован с ОА рук у женщин [12]. C. Shepherd et al. (2018) продемонстрировали, что нокаут гена ALDH1A2 in vivo понижал экспрессию ряда генов хондрогенеза, среди которых ген транскрипционного фактора-9 (SOX9; р=0,002), аггреканазы-5 (ADAMTS5) и аггрекана ACAN; это свидетельствует о значимости этого гена в регуляции гомеостаза хрящевой и костной ткани [18].

Также нами исследовано два полиморфных локуса rs2302061 и rs12982744, локализованных в гене гистоновой метилтрансферазы (DOT1L), продукт которого экспрессируется в зрелых хондроцитах человека и, вероятно, играет роль в их дифференцировке [13]. Локус rs2302061 этого гена показал ассоциации с ОА в целом, а также с гонартрозом, однако неизвестно об ассоциациях этого локуса в других популяциях. При этом распределение частот аллелей и генотипов полиморфного локуса rs12982744 оказалось сопоставимым в группах больных и контроля.

Другой исследованный локус rs7639618 локализован в гене DVWA, детерминирующем образование домена фактора фон Виллебранда. Продукт этого гена связывается с β-тубулином [14] и экспрессируется в суставной ткани независимо от наличия патологического процесса, что подтверждает функциональную роль белкового продукта в внутриклеточном транспорте хондроцитов [19]. По результатам анализа этого локуса аллель *Т продемонстрировал ассоциацию с ОА в целом, гонартрозом и коксартрозом, тогда как, по данным GWAS, определена ассоциация аллеля *G с ОА коленного сустава (p=7,3×10−11) у азиатов. Полученные нами данные могут свидетельствовать о различиях в генетической структуре изученных популяций и разнонаправленной адаптации к различающимся средовым факторам.

По результатам полногеномных исследований, у лиц европейского происхождения аллель *Т локуса rs6976 (GLT8D1) ассоциирован как с коксартрозом, так и с гонартрозом (p=7,2×10−11) [19, 12], однако, по результатам наших исследований, противоположный аллель *С показал ассоциацию с гонартрозом (см. табл.). Это также отражает необходимость изучения генетических маркеров с учетом этнической структуры популяций.

При рассмотрении локусов rs6094710 (NCOA3), rs11177 (GNL3), rs11841874 (MCF2L) не было получено статистически значимых различий в распределении частот аллелей и генотипов между пациентками с ОА в целом, пациентками с различными локализациями ОА и группой контроля у женщин из Республики Башкортостан, и мы не подтвердили полученные ранее ассоциации.

Для подтверждения полученных нами закономерностей мы сформировали независимую выборку женщин с ОА и подтвердили следующие полученные нами ассоциации:

  • ассоциацию генотипа *СС локуса rs2302061 (DOT1L) с ОА позднего начала (50–65 лет) (χ2=7,128; p=0,000001; OR=4,27; 95% ДИ 2,7-7,03);
  • ассоциацию генотипов *TT+*CT локуса rs7639618 (DVWA) с ОА у женщин в общей выборке (χ2=6,816; p=0,009; OR=2,27; 95% ДИ 1,22–4,22), с коксартрозом (p=0,0007; OR=6,9), гонартрозом (p=0,00005; OR=5,92) и полиартрозом (p=0,0013; OR=6,27), а также с ОА в сочетании с признаками нДСТ (χ2=5,571; p=0,018, OR=2,52; 95% ДИ 1,15–5,49);
  • генотипа *CG полиморфного локуса rs3204689 гена ALDH1A2 с ОА в сочетании с нДСТ у женщин татарской этнической принадлежности (χ2=9,548, p=0,002, OR=3,84; 95% ДИ 1,6–9,18).

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Таким образом, нами проведен анализ ассоциаций полиморфных вариантов rs4836732 (ASTN2), rs1298744 и rs2302061 (DOT1L), rs3204689 (ALDH1A2), rs6976 (GLT8D1), rs11177 (GNL3), rs6094710 (NCOA3), rs11841874 (MCF2L), rs7639618 (DVWA) в выборке женщин с ОА из Республики Башкортостан с учетом наличия признаков нДСТ, возраста, дебюта заболевания и локализации патологического процесса. Полученные нами ассоциации были подтверждены на независимой выборке женщин для локуса rs2302061 (DOT1L) и rs7639618 (DVWA), rs4836732 (ASTN2), что позволяет рассматривать их в качестве маркеров риска развития ОА в целом, а также его различных локализаций с учетом наличия признаков нДСТ.

Приведенные результаты исследования имеют определенное значение для изучения генетических факторов ОА как в изолированном, так и в коморбидном с нДСТ вариантах, однако из-за противоречивости полученных данных необходима дальнейшая их валидация на независимых выборках.


Literature


  1. Nelson A.E. Osteoarthritis year in review 2017: clinical. Osteoarthritis Cartilage. 2017; 26(3): 319–25.

  2. Vina E.R., Kwoh C.K. Epidemiology of Osteoarthritis: Literature Update. Curr Opin Rheumatol. 2018; 30(2): 160–67.

  3. Балабанова Р.М., Дубинина Т.В., Демина А.Б., Кричевская О.А. Заболеваемость болезнями костно-мышечной системы в Российской Федерации за 2015–2016 гг. Научно-практическая ревматология. 2018; 56(1): 15–21.

  4. Yucesoy B., Charles L.E., Baker B., Burchfiel C.M. Occupational and genetic risk factors for osteoarthritis: a review. Work. 2015; 50(2): 261–73.

  5. Нечаева Г.И., Яковлев В.М., Конев В.П., Друк И.В., Морозов С.Л. Дисплазия соединительной ткани: основные клинические синдромы, формулировка диагноза, лечение. Лечащий врач. 2008; 2: 22–28.

  6. Яковлев В.М., Нечаева Г.И. Системные дисплазии соединительной ткани: актуальность проблемы в клинике внутренних болезней. Сибирский медицинский журнал. 2011; 26: 9–13.

  7. Кадурина Т.И., Аббакумова Л.Н. Оценка степени тяжести недифференцированной дисплазии соединительной ткани у детей. Медицинский вестник Северного Кавказа. 2008; 2(10): 15–20.

  8. Кадурина Т.И., Горбунова В.Н. Дифференцированная и недифференцированная дисплазия соединительной ткани. Дисплазия соединительной ткани: руководство для врачей. СПб.: ЭЛБИ. 2009; 704.

  9. Земцовский Э.В. Недифференцированные дисплазии соединительной ткани. Попытка нового осмысления концепции. Медицинский вестник Северного Кавказа. 2008; 2(10): 8–14.

  10. Wang T., Liang Y., Li H. et al. Single nucleotide polymorphisms and osteoarthritis an overview and a meta-analysis. 2016; 95(7): 1–13.

  11. Rodriguez-Fontenla C., Gonzalez A. Genetics of osteoarthritis. Reumatol Clin. 2015; 11(1): 33–40.

  12. arcOGEN Consortium, arcOGEN Collaborators. Identification of new susceptibility loci for osteoarthritis (arcOGEN): a genome-wide association study. Lancet. 2012; 380: 815–23.

  13. Castano Betancourt M.C., Cailotto F., Kerkhof H.J. et al. Genome-wide association and functional studies identify the DOT1L gene to be involved in cartilage thickness and hip osteoarthritis. Proc Natl Acad Sci USA. 2012; 109(21): 8218–23.

  14. Miyamoto Y., Shi D., Nakajima M. et al. Common variants in DVWA on chromosome 3p24.3 are associated with susceptibility to knee osteoarthritis. Nat Genet. 2008; 40: 994–98.

  15. Evangelou E., Kerkhof H.J., Styrkarsdottir U. et al. A meta-analysis of genome-wide association studies identifies novel variants associated with osteoarthritis of the hip. Ann Rheum Dis. 2014; 73(12): 2130–36.

  16. 1Behesti H., Fore T.R., Wu P. et al. ASTN2 modulates synaptic strength by trafficking and degradation of surface proteins. PNAS. 2018; 115(41): 9717–26.

  17. Styrkarsdottir U., Thorleifsson G., Helgadottir H.T. et al. TREAT-OA Consortium; arcOGEN Consortiuml. Severe osteoarthritis of the hand associates with common variants within the ALDH1A2 gene and with rare variants at lp31. Nat Genet. 2014; 46(5): 498–502.

  18. Shepherd C., Zhu D., Skelton A.J. et al. Functional characterization of the osteoarthritis genetic risk residing at ALDH1A2 identifies rs12915901 as a key target variant. Arthritis Rheumatol. 2018; 70(10): 1577–87.

  19. Panoutsopoulou K., Zeggini E. Advances in osteoarthritis genetics. J Med Genet. 2013: 50(11): 715–24.


About the Autors


Daria A. Shapovalova, Junior Researcher of human molecular genetics laboratory of Institute of biochemistry and genetic of Ufa Federal research Center of RAS. Address: 450054, Ufa, 71/1E Oktyabrya Avenue. Tel.: +7 (347) 235-60-88; 8 (917) 430-54-41. E-mail: daria-ufa92@mail.ru
Anton V. Tyurin, PhD, head of the Department of hospital therapy No 2 of Bashkir State medical University of the Ministry of Healthcare of Russia. Address: 450008, Ufa, 3 Lenina Str. Tel.: +7 (927) 994-00-35. E-mail: anton.bgmu@gmail.com
Rita I. Khusainova, Doctor of biological science, visiting fellow of human molecular genetics laboratory of Institute of biochemistry and genetic of Ufa Federal research Center of RAS. Address: 450008, Ufa, 3 Lenina Str. Tel.: +7 (347) 235-60-88; 8 (987) 145-77-18. E-mail: ritakh@mail.ru


Similar Articles


Бионика Медиа